Uma das características mais marcantes da cefaleia em salvas é a sua ritmicidade, o seu componente circadiano e circanual, sazonal. Na cefaleia em salvas é comum uma predileção para um horário do dia, especialmente de madrugada (ritmo circadiano) e também a aparição das crises em certos meses do ano, determinando a flutuação sazonal, circanual.

O relógio biológico no ser humano é o núcleo supraquiasmático do hipotálamo, uma área central no cérebro. Como todo relógio, no cérebro, o relógio biológico tem o seu alarme, que ativa o sistema de dor. Na cefaleia em salvas o relógio biológico sabidamente está doente. Como consequencia do disparo do alarme do núcleo supraquiasmático, a produção de melatonina pela glãndula pineal fica perturbada, poristo a suplementação de melatonina é tão importante no tratamento da cefaleia em salvas.